El Gobiernu [[YeraDómina Meiji|Meiji]] fundó la universidá en [[1877]] sol so nome actual xuniendo antigües escueles gubernamentales de medicina y enseñanza occidental. Denominóse como Universidá Imperial (帝國大學 ''Teikoku Daigaku'') en [[1886]], pasó a ser la Universidá Imperial de Tokiu (東京帝國大學 ''Tōkyō Teikoku Daigaku'') en [[1887]] cuando se creó'l sistema d'universidaes imperiales. En [[1947]], dempués de la derrota de Xapón, recuperó'l so nome orixinal. Col llanzamientu del nuevu sistema d'universidaes en 1949, Tōdai absorbió a Ichiko (''First Higher School'') que ye l'actual campus de Komaba, y el ''Tokiu Higher School'', qu'asumieron entós la enseñanza de los alumnos de los primeres y segundos años, les facultaes del campus d'Hongu enseñando a los alumnos de los terceros y cuartos años.
Dende 2004, la universidá convertir nuna empresa d'universidá nacional, per mediu d'una nueva llei que s'aplicó a toles universidaes nacionales. A pesar d'esti cambéu qu'aumentó la so autonomía, particularmente la financiera, la Universidá de Tokiu atopóse siempres parcialmente controlada pol Ministeriu d'Educación xaponés ([[Monbukagakusho]], ó Monkasho).
